在日本，农产品与食品安全性制度可以分为提高安全性制度和食品风险管理制度。其中，提高安全性制度涵盖了JAS制度、特别栽培农产品制度、可追溯性制度以及GAP制度。而食品风险管理制度则由食品安全委员会及HACCP制度构成。
日本的JAS制度
日本现行的农产品与食品安全制度是根据JAS法律制定的JAS（Japan Agricultural Standard）制度。这一制度目的是振兴农业生产和改善农产品的质量、保护消费者利益和满足消费者的需求、促进贸易公正。
1960年日本政府在这一制度中追加了《品质表示规定》。2000年又引进了有机农产品（简称JAS有机农产品）制度。现在，JAS制度分为农产品与食品品质表示规定（以下简称表示规定）和物质规格规定（以下简称规格规定）两方面。
先来看表示规定。在日本，任何食品的出售方必须标明以下所列的项目：农产品、水产品、加工品和加工原料需要标签的共同项目——名称、原产地（原产国或原产城县）以及其他相关的附加项目。
对于不按表示规定欺骗消费者的企业，处罚力度相当大。欺骗原产地的行为会被处以个人2年以下徒刑或200万日元以下罚款，相关公司会被处以1亿日元以下罚款。在其他项上欺骗，会对个人先处以行政处置，如果不听从处理，那么会被判1年以下徒刑或者100万日元以下罚款，公司被处以1亿日元以下罚款。
规格规定共分为5个种类：一般JAS以成分或性能区分（现在有57个品种），比如技能性食品等。JAS有机农产品分为有机农产品、有机加工食品、有机饲料以及有机畜产品等四个品种。生产者信息公开JAS需要公开原料与投药等全部生产过程。特定JAS是指特殊办法制造的食品，现有熟成火腿、熟成香肠、熟成烟熏肉、土鸡以及手擀面条等5个品种。最后一个分类是食品流通的恒温管理JAS，针对的是需要保持一定温度的流通食品（比如，盒饭就需要维持在±2℃以内）。
规格规定的认证体系是认证企业（制造商、农家、零售商、进口商和国外出口商）向《登录认定机关》申请认证，得到认定后，由企业在产品上粘贴JAS标记再进行出售。《登录认定机关》的设立需要得到日本农林水产省大臣的许可。
特殊的有机农产品
从1970年代开始的高速经济发展造成了环境和农产品的污染，日本消费者开始普遍要求安全的农产品，一些农家也开始自行生产减农药或化肥的农产品。最初，农药和化肥减量的农产品都被称为有机农产品。一些农家则称这些农产品为特别栽培农产品，直到1992年，日本中央政府发布通知：《关于有机蔬果特别标准》，规定了有机农产品的标准。
2000年，日本中央政府又发布了JAS制度的新规定，添加了JAS有机农产品与有机农产加工品规格的标准。当初的《关于有机蔬果特别标准》改订为《关于特别栽培农产品标准》，由地方政府执行。除符合JAS有机农产品规定以外的产品都不可随意称为有机农产品。符合特别栽培农产品的也不能称为有机农产品，称为《特别栽培农产品：通称指南农产品》。
《指南农产品》农产品体系是这样认证的，农家向地方政府或者农业合作社申请，然后由这些机构向认证审查委员会委托审查，委员会审查后再反馈结果。地方政府或者农业合作社在种植现场会检查农家的栽培记录。通过认证后，农家自行粘贴认证标记进行出售。在出售时，委员会在现场会进行审查。
可追溯性制度
可追溯性制度是日本农产品与食品安全制度的另一块构成。2001年，日本总理大臣府IT战略本部采取了e-Japan战略Ⅱ。包括了农产品与食品部门的目标：到2005年前要实行国产牛肉可追溯性制度、其他食品逐步实行可追溯性制度（同样适用于进口食品）、强化农业经营使用IT技术。
采取可追溯性制度是有原因的。当时，社会消费者喜欢日本国产或者由国内著名产地生产的食品，一些大规模的零售商则要求食品加工企业、批发商提供物美价廉的食品。在持续了十几年的经济萧条背景下，这些因素都引起了厂商之间不正当的竞争，在加工或者包装时隐瞒原产地或者原料的现象开始出现。
比如，2002年的假冒国产牛肉事件（相关企业有雪印食品公司、Nihon Food、Hannan Foods）。2007年的假冒牛肉汉堡包事件（相关企业如Meat Hope公司）。在2003年至2008年期间，由于日本农林水产省管理不当，将工业用途的原料大米作为食用大米流通在市场中，且在流通市场占据了30%以上份额。
2005年，牛肉可追溯性制度开始实行，对象从牛肉生产者到零售商之间的所有环节的企业与个人。与牛肉相关的活体、胴体、枝肉（含有骨头）、精制肉都是在追溯制度中的商品。
每头牛都有编号卡，记录了生日、性别、种类、其母亲的编号等。从活体状态开始到最终零售的每道程序，牛的编号卡都记录并传达信息。
在农家饲养时，每头牛的耳朵就会被贴上标签，在销售市场（私人企业或者农业合作社子公司进行宰杀、肢解、拍卖）、部分肉类加工厂分切，批发商、零售商再分切成精装肉，再到售卖的商品上都会贴有标签。消费者可以根据牛的ID号在家畜改良企业集团开设的家畜个体识别中心网站查询牛肉的详细情况。
大米追溯制度则是从2011年开始实行的，对象包括大米生产商和加工商、大米制品加工商以及其他与大米有关产品的生产商。商品范围涵盖大米、大米粉、米饭以及大米糕等。
再看从农家到商家的传达方式。以宫崎县农业合作社为例，种子的生产与供给情况会由《县大米改良协会》记录，生产方式与病害虫防治则由农家进行记录，干燥度与糙米通过农业合作社及县政府管理系的私人企业记录，大米的DNA以及农药残留量则由农业合作社负责化验和记录。最后发货情况由农业合作社子公司记录。除了牛肉和大米外，其他农产品不再需要执行可追溯性制度。
在2005年，日本农林部公布GAP指南并推广，在中央政府支持下地方政府和农民团体引进GAP制度。这个制度有四个项目构成，食品安全（农药、化肥、重金属、病原微生物与化学物质）、环保（保全水与土壤、废物处理与利用、减少能源使用）、劳动者安全以及其他项目比如保护农民专有技术、记录办法与保存时间。
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